La pudrición blanda bacteriana, causada por, puede infectar varios cultivos hortícolas de importancia económica. Sin embargo, las estrategias de manejo disponibles para controlar esta enfermedad son limitadas. Las rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal (PGPR) se han considerado agentes de biocontrol prometedores. Con el objetivo de obtener una cepa adecuada para aplicaciones agrícolas, se aislaron 161 cepas del suelo de la rizósfera de plantas de pepino sanas y se evaluaron a través de bioensayos en placa y pruebas en invernadero. ZF390 mostró un efecto de control eminente contra la enfermedad de pudrición blanda y un amplio espectro de actividad antagonista in vitro. Además, ZF390 mostró buenas actividades de celulasa, proteasa y fosfatasa, así como tolerancia a metales pesados. Se realizó la secuenciación del genoma completo y se anotó para explorar los mecanismos de biocontrol subyacentes. La cepa ZF390 consiste en un cromosoma circular de 6,193,667 pb y tres plásmidos. El análisis comparativo del genoma reveló que ZF390 involucra diez grupos de genes responsables de la síntesis de antibióticos de metabolitos secundarios, coincidiendo con su excelente actividad de biocontrol. Se extrajeron numerosos genes relacionados con la promoción del crecimiento vegetal, la formación de biopelículas y la resistencia sistémica inducida para revelar los mecanismos de biocontrol que podrían consistir en la cepa ZF390. En general, estos hallazgos sugieren que la cepa ZF390 podría ser un agente de biocontrol potencial en el manejo de la pudrición blanda bacteriana, así como una fuente de mecanismos antimicrobianos para una mayor explotación.