En este artículo, describimos un método para el estudio de los efectos de colocalización entre trazas genómicas de estiramiento-estiramiento y estiramiento-punto basado en un conjunto de índices que varían dentro del intervalo (-1, +1). Los índices combinan las distancias entre los centros de los estiramientos vecinos y sus longitudes. Los límites extremos del intervalo corresponden a la colocalización completa de las trazas genómicas o su completa ausencia. También obtuvimos los criterios relevantes de significancia estadística para tales índices utilizando la prueba de permutación completa. El método es robusto con respecto a la distribución de posicionamiento y longitud fuertemente inhomogénea de las trazas genómicas. Con base en este enfoque, creamos un software de línea de comandos, el Analizador de Colocalización de Trazas Genómicas. El software fue probado, comparado con otros paquetes disponibles y aplicado a problemas particulares relacionados con la expresión génica. El paquete, Analizador de Colocalización de Trazas Genómicas (GTCA), está disponible de forma gratuita para los usuarios. GTCA complementa nuestro software anterior, el Analizador de Trazas Genómicas, destinado a la búsqueda de correlaciones por pares entre trazas genómicas puntuales (también disponible de forma gratuita). Los detalles correspondientes se proporcionan en la Declaración de Disponibilidad de Datos al final del texto.