Aunque el pez lápiz es un pez económico de gran popularidad en el mercado de acuarios a nivel mundial, su clasificación taxonómica podría ser refinada. Con el fin de entender la taxonomía de las especies del género (Characiformes, Lebiasinidae) y su posición filogenética dentro del orden Characiformes, en este estudio caracterizamos genomas mitocondriales (mitogenomas) de cuatro especies por primera vez. Los cuatro mitogenomas exhibieron la típica estructura circular, con tamaños generales que varían de 16,661 pb a 16,690 pb. Contenían 13 genes que codifican proteínas (PCGs), 2 genes de ARN ribosómico (rARN), 22 genes de ARN de transferencia (tARN) y 1 región de control (CR). El análisis de composición de nucleótidos sugirió que las secuencias mitocondriales estaban sesgadas hacia A y T. La inferencia bayesiana y los análisis de máxima verosimilitud basados en PCGs apoyan la clasificación de la familia Lebiasinidae, descrita utilizando cuatro especies, agrupándose juntas de la misma familia. Los resultados de este estudio apoyan la clasificación taxonómica actual de la familia Lebiasinidae. El análisis filogenético también sugirió que la reorganización de genes no impactaría significativamente las relaciones filogenéticas dentro del orden Characiformes. Estos resultados podrían proporcionar nuevos datos sobre la filogenia y clasificación del orden Characiformes, proporcionando así una base teórica para el desarrollo económico de los mercados de peces de acuario.