La tortuga de caparazón blando china es un reptil acuícola importante con ricos valores nutricionales y medicinales. En las últimas décadas, los recursos silvestres se han estado agotando debido a factores naturales y artificiales. En este estudio, informamos sobre el genoma mitocondrial completo de cuatro cepas, incluida la cepa japonesa (RB), la cepa Qingxi Huabie (HB), la cepa Jiangxi (JB) y la cepa Qingxi Wubie (WB). La composición de nucleótidos dentro de los mitogenomas completos estaba sesgada hacia A + T con una frecuencia variable que oscila entre el 59.28% y el 70.31%. Los mitogenomas de las cuatro cepas contenían 13 genes que codifican proteínas (PCGs), 22 tRNAs, 2 rRNAs, 1 región de control y una región de origen de replicación de la cadena L (OL), lo que era consistente con la mayoría de los vertebrados. Además, los genes, , , y poseían alta variación genética y pueden ser utilizados como marcadores potenciales para la identificación de estas cepas. Adicionalmente, todos los genes PCGs estaban evolucionando principalmente bajo selección purificadora. A través de un análisis comparativo, se reveló que la mayoría de los tRNAs eran estructuralmente diferentes en el tallo TC, el tallo DHU y el tallo aceptador. La longitud de las repeticiones en tándem en la región de control era variable en las cuatro cepas, oscilando entre 2bp y 50bp. El análisis filogenético indicó que todas las cepas se agruparon en una rama y estaban estrechamente relacionadas con otras especies de Trionychinae. En general, este estudio proporciona información sobre el genoma mitocondrial de diferentes cepas para apoyar la identificación de especies y la conservación de recursos de germoplasma.