China tiene ricos recursos genéticos de razas de cerdos locales. En este estudio, se realizó una resecuenciación del genoma completo en cinco razas de cerdos locales de Shanghái, con el objetivo de analizar su estructura genética poblacional y características genómicas únicas. Se obtuvieron decenas de millones de variantes de nucleótido único a través de la resecuenciación de un total de 150 cerdos individuales de cinco razas locales (Meishan, Fengjing, Shawutou, Pudong White y Shanghai White) después de mapearlos con el genoma de referencia del cerdo 11.1. Los resultados del análisis de estructura de mezcla también demostraron claramente las diferencias genéticas entre las razas de cerdos locales de Shanghái y las tres razas comerciales (Duroc, Landrace y Yorkshire). Se detectó la infiltración genética de las razas de cerdos Landrace y Yorkshire en la raza SHW, lo que es consistente con la historia temprana de cruzamiento en esta raza. El análisis de barrido selectivo entre cuatro poblaciones de razas de cerdos indígenas de Shanghái y tres poblaciones de razas de cerdos comerciales identificó 270 y 224 genes con firmas selectivas en las poblaciones de cerdos comerciales e indígenas de Shanghái, respectivamente. Se encontró que seis genes estaban asociados con el crecimiento animal en la población de cerdos comerciales a través de análisis de enriquecimiento de genes e interacción proteína-proteína. En contraste, el gen en la población indígena de cerdos de Shanghái estaba significativamente bajo selección, lo que se correlacionó con el fenotipo de oreja pendulante larga de la población indígena de cerdos de Shanghái. En conclusión, este estudio es el primer perfil genómico de cinco razas locales representativas de cerdos en Shanghái, que proporciona datos genéticos moleculares y fundamentos para una mejor conservación y utilización de los recursos de razas de cerdos locales en Shanghái, China.