Estudio de Asociación a Nivel del Genoma de Rasgos de Morfología de Semillas en Cultivares de Sorgo Senegalés
Autores: Ahn, Ezekiel; Botkin, Jacob; Ellur, Vishnutej; Lee, Yoonjung; Poudel, Kabita; Prom, Louis K.; Magill, Clint
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Estudio de Asociación a Nivel del Genoma de Rasgos de Morfología de Semillas en Cultivares de Sorgo Senegalés
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Sorgo
Morfología de semillas
Germoplasma senegalés
Rasgos
Estudios de asociación a nivel genómico
Genes candidatos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
El sorgo es considerado el quinto cultivo más importante del mundo. A pesar del valor potencial del germoplasma senegalés para varios rasgos, como la resistencia a enfermedades fúngicas, hay información limitada sobre el estudio de la morfología de las semillas de sorgo. En este estudio, se evaluaron 162 germoplasmas senegaleses en cuanto al tamaño del área de la semilla, longitud, ancho, relación longitud-ancho, perímetro, circularidad, la distancia entre la intersección de longitud y ancho (IS) y el centro de gravedad (CG), así como la oscuridad y luminosidad de la semilla mediante el escaneo y análisis de rasgos relacionados con la morfología utilizando el software SmartGrain en la Unidad de Investigación en Ciencias de las Plantas del USDA-ARS. Se analizaron las correlaciones entre los rasgos relacionados con la morfología de las semillas y los rasgos asociados con la resistencia a la antracnosis y al tizón de la espiga. Por último, se realizaron estudios de asociación a nivel genómico sobre datos fenotípicos recopilados de más de 16,000 semillas y 193,727 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) disponibles públicamente. Se encontraron y mapearon varios SNP significativos al genoma de referencia del sorgo para descubrir múltiples genes candidatos potencialmente asociados con la morfología de las semillas. Los resultados indican claras correlaciones entre los rasgos relacionados con la morfología de las semillas y posibles asociaciones entre la morfología de las semillas y la respuesta de defensa del sorgo. El análisis de GWAS enumeró genes candidatos asociados con morfologías de semillas que pueden ser utilizados para la mejora del sorgo en el futuro.
Descripción
El sorgo es considerado el quinto cultivo más importante del mundo. A pesar del valor potencial del germoplasma senegalés para varios rasgos, como la resistencia a enfermedades fúngicas, hay información limitada sobre el estudio de la morfología de las semillas de sorgo. En este estudio, se evaluaron 162 germoplasmas senegaleses en cuanto al tamaño del área de la semilla, longitud, ancho, relación longitud-ancho, perímetro, circularidad, la distancia entre la intersección de longitud y ancho (IS) y el centro de gravedad (CG), así como la oscuridad y luminosidad de la semilla mediante el escaneo y análisis de rasgos relacionados con la morfología utilizando el software SmartGrain en la Unidad de Investigación en Ciencias de las Plantas del USDA-ARS. Se analizaron las correlaciones entre los rasgos relacionados con la morfología de las semillas y los rasgos asociados con la resistencia a la antracnosis y al tizón de la espiga. Por último, se realizaron estudios de asociación a nivel genómico sobre datos fenotípicos recopilados de más de 16,000 semillas y 193,727 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) disponibles públicamente. Se encontraron y mapearon varios SNP significativos al genoma de referencia del sorgo para descubrir múltiples genes candidatos potencialmente asociados con la morfología de las semillas. Los resultados indican claras correlaciones entre los rasgos relacionados con la morfología de las semillas y posibles asociaciones entre la morfología de las semillas y la respuesta de defensa del sorgo. El análisis de GWAS enumeró genes candidatos asociados con morfologías de semillas que pueden ser utilizados para la mejora del sorgo en el futuro.