Como las únicas dos razas de pollo You en China, los pollos Baicheng-You (BCY) y Beijing-You (BJY) son famosos por su buena calidad de carne. Sin embargo, hasta ahora, la base molecular del germoplasma de las dos razas de pollo You no está clara. La relación genética entre BCY, BJY y los pollos de engorde de origen europeo (BRs) se analizó utilizando datos de resecuenciación del genoma completo para contribuir a este tema. En este estudio se obtuvieron un total de 18,852,372 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs). Después del control de calidad, se aplicaron 8,207,242 SNPs al análisis posterior. Los datos indicaron que los pollos BJY poseían una distancia lejana con los BRs (coeficiente de diferenciación genética () = 0.1681) y con BCY ( = 0.1231), respectivamente, mientras que BCY y BRs tenían una relación más cercana ( = 0.0946). Además, utilizando los métodos de homocigosidad extendida de haplotipos entre poblaciones (XP-EHH) y la razón de verosimilitud compuesta entre poblaciones (XP-CLR), encontramos 374 genes seleccionados entre los pollos BJY y BRs y 279 genes seleccionados entre los pollos BCY y BJY, respectivamente, que contenían una serie de candidatos importantes o variaciones genéticas asociadas con el crecimiento de plumas y la deposición de grasa de los pollos BJY y la resistencia potencial a enfermedades de los pollos BCY. Nuestro estudio demuestra una visión general del genoma sobre la diversidad genética y la diferenciación entre BCY, BJY y BRs. Estos resultados pueden proporcionar información útil sobre una base molecular relacionada con las características especiales de estas razas de pollos de engorde, lo que nos permite comprender mejor el mecanismo de formación de los pollos You chinos.