es un mero que habita en los arrecifes de coral, con un importante valor económico y ecológico, y está ampliamente distribuido en el océano Pacífico occidental. La falta de recursos genómicos dificulta su evolución adaptativa y la investigación filogenética. Construimos el primer genoma de alta calidad basado en tecnologías de secuenciación DNBSEQ, PacBio y Hic, con un tamaño de genoma de 998.82 Mb, un N50 de contig de 5.855 Mb y un N50 de scaffold de 41.98 Mb. Más del 99.7% de los contigs fueron anclados a 24 pseudocromosomas, y se encontraron el 94.2% de los genes BUSCO en el genoma, lo que indica una alta completitud en la ensamblaje del genoma. Se predijeron un total de 26,337 genes codificadores de proteínas, de los cuales el 98.77% fueron anotados funcionalmente. El análisis filogenético mostró que se separó de sus especies estrechamente relacionadas hace aproximadamente entre 11.5 y 26.5 millones de años, y el levantamiento del archipiélago indoaustraliano puede haber proporcionado una oportunidad para su rápida radiación. Además, varias familias de genes asociadas con la inmunidad innata y adaptativa se expandieron significativamente en el mero azul moteado en comparación con otros genomas de teleósteos. Adicionalmente, identificamos varios genes asociados con la inmunidad, el crecimiento y la reproducción que están bajo selección positiva en comparación con otros meros, lo que sugiere que ha evolucionado una amplia adaptabilidad en respuesta a un entorno de supervivencia complejo, lo que puede proporcionar la base genética para su rápida radiación. En resumen, el genoma de referencia de alta calidad del mero azul moteado proporciona una base para la investigación sobre sus rasgos biológicos y evolución adaptativa y será una herramienta genética importante para guiar la acuicultura y resolver sus controversias taxonómicas en estudios futuros.