Una mayoría de especies (Passifloraceae) exhiben distilia, un sistema reproductivo que involucra tanto la auto-incompatibilidad como la hercogamia recíproca. Este sistema difiere de la auto-incompatibilidad en las especies. La base genética de la distilia es un supergen, restringido al morfo S, y que contiene tres genes S. Cómo evolucionaron los supergenes y la distilia en las familias de angiospermas que exhiben distilia sigue siendo en gran medida desconocido. Desentrañar los orígenes evolutivos en este contexto requiere la generación de recursos genómicos y amplios análisis filogenéticos. Aquí, presentamos el borrador anotado del genoma del morfo S de la especie distílea. Nuestra anotación permitió realizar análisis filogenéticos de las tres familias de genes S en 56 especies de plantas que van desde plantas no semilleras hasta eudicotiledóneas. Además del análisis filogenético, identificamos los paralogos más cercanos de los tres genes S en dos especies de Passiflora. Nuestros análisis sugieren que el locus S evolucionó después de la divergencia de Passiflora y otra especie. Finalmente, para proporcionar información sobre la neofuncionalización de los genes S, comparamos los patrones de expresión de los genes S con paralogos cercanos en Passiflora y otra especie. La anotación del genoma proporcionará un recurso útil para futuros trabajos comparativos. Además, este trabajo ha proporcionado información sobre la naturaleza convergente de la distilia y el origen de los supergenes.