La oveja Lop, una raza local reconocida en China, está excepcionalmente bien adaptada a los pastos desérticos, mostrando una notable tolerancia a climas áridos extremos y forrajes, junto con una fuerte resistencia a los estrés ambientales. Sin embargo, actualmente hay una investigación limitada sobre la estructura genética poblacional y las relaciones genéticas de las ovejas Lop. Además, la extensa historia de domesticación y selección artificial a lo largo de miles de años ha dado lugar a la aparición de rasgos genéticos poblacionales distintos, aunque la base genética subyacente a los genomas sujetos a selección sigue sin ser reportada. En este estudio, utilizamos datos de resecuenciación del genoma completo para analizar la diversidad genética, la estructura poblacional, el origen y la evolución, y las señales de selección de las ovejas Lop. Nuestro objetivo es explorar sistemáticamente la estructura y composición genética de la población de ovejas Lop e identificar las regiones genómicas que han sido sometidas a selección a lo largo del proceso de domesticación selectiva. Esta investigación tiene como objetivo evaluar de manera integral el valor de los recursos genéticos de las ovejas Lop y proporcionar una base teórica para la conservación de estos recursos genéticos, la selección de razas y los futuros esfuerzos de mejora genética.