Entender la composición genética de las razas locales de ovejas es esencial para su conservación científica y utilización sostenible. La oveja de lana semigruesa de Liangshan (LSS), una raza china de lana semigruesa conocida por su lana suave, fue analizada utilizando datos de secuenciación de genoma completo que incluyen 35 LSS, 84 ovejas de otras razas domésticas y 20 muflones asiáticos. Investigamos la composición genética de LSS realizando análisis de la estructura poblacional, tramos de homocigosis, coeficientes de endogamia genómica y firmas de selección. Nuestros hallazgos indicaron que LSS comparte una mayor similitud genética con las ovejas Border Leicester y Romney que con las ovejas tibetanas (TIB), de Yunnan (YNS) y Merino chino. El análisis genómico indicó coeficientes de endogamia bajos a moderados, que oscilan entre 0.014 y 0.154. Al identificar señales de selección a lo largo del genoma de LSS, localizamos 195 regiones candidatas que albergan 74 genes anotados. También encontramos superposiciones entre las regiones candidatas y varios loci de rasgos cuantitativos conocidos relacionados con características de la lana, como la longitud de la mecha de lana y el diámetro de la fibra de lana. Una región de barrido selectivo, marcada por el valor más alto de homocigosis de haplotipos extendidos entre poblaciones, abarcó un gen candidato influyente que afecta las características de la fibra del vellón. Además, se observaron diferencias notables en la frecuencia de genotipos en un sitio de mutación entre LSS y las ovejas TIB y YNS. En conjunto, estos hallazgos ofrecen información crucial para la conservación y mejora de la cría de LSS.