Las cabras pertenecen a un grupo de animales llamados rumiantes pequeños y son fuentes críticas de sustento para las personas rurales. La secuenciación genómica puede proporcionar información que va desde el conocimiento básico sobre la diversidad de las cabras y los procesos evolutivos que moldean los genomas hasta información funcional sobre genes/regiones genómicas. En este estudio, aprovechamos un conjunto de datos de secuenciación de genoma completo para analizar la diversidad genética, la estructura poblacional y las firmas de selección de 44 individuos pertenecientes a 5 poblaciones de cabras etíopes: 12 Aberegalle (AB), 5 Afar (AF), 11 Begait (BG), 12 Tierras Altas Centrales (CH) y 5 Meafure (MR). Nuestros resultados revelaron la mayor diversidad genética en la población de cabras BG en comparación con las otras poblaciones de cabras. La diferenciación genética pareada (F) entre las poblaciones varió y osciló entre 0.011 y 0.182, con el valor pareado más cercano (0.003) observado entre las cabras AB y CH y una correlación distante ( = 0.182) entre las cabras BG y AB, lo que indica una diferenciación genética baja a moderada. El árbol filogenético, el análisis de ADMIXTURE y el análisis de componentes principales revelaron una clasificación de las cinco razas de cabras etíopes de acuerdo con su distribución geográfica. También encontramos tres regiones genómicas principales que fueron detectadas bajo selección en los cromosomas 2, 5 y 13. Además, este estudio identificó diferentes genes candidatos relacionados con las características de la leche (GLYCAM1 y ), la canal (, , , , y ) y genes de respuesta adaptativa e inmune , , , , y ). En conclusión, esta información podría ser útil para comprender la diversidad genética y la estructura poblacional y el escaneo de selección de estas importantes cabras indígenas para futuras mejoras genéticas y/o como un mecanismo de intervención.