La col china (var.) es un cultivo de hoja popular y ampliamente cultivado en Asia. Aquí, realizamos un ensamblaje de alta calidad del genoma de 384 Mb de 10 cromosomas de un cultivar típico de col china utilizando un enfoque integrado con tecnología PacBio, Illumina y Hi-C. Modelamos 47,598 genes que codifican proteínas en este análisis y anotamos el 52% (205.9/384) de su genoma como secuencias repetitivas, incluyendo el 17% en transposones de ADN y el 22% en retrotransposones de terminal larga (LTRs). El análisis filogenético revela que el genoma de la col china tiene una relación evolutiva más cercana con el progenitor diploide AA de la especie alotetraploide. El análisis genómico comparativo de especies de Brassica con diferentes tipos de subgenomas (A, B y C) revela que las regiones pericentroméricas en los cromosomas 5 y 6 del genoma AA se han expandido significativamente en comparación con las regiones genómicas ortólogas en los genomas BB y CC, impulsadas en gran medida por la amplificación de retrotransposones LTR. Además, identificamos un gran número de variaciones estructurales (SVs) dentro de las líneas que podrían impactar los genes codificadores, sugiriendo la importancia funcional de las SVs en la evolución del genoma de Brassica. En general, nuestro ensamblaje de genoma de alta calidad de la col china proporciona un recurso genético valioso para descifrar la evolución del genoma de las especies de Brassica y puede servir potencialmente como el genoma de referencia que guíe la práctica de mejoramiento molecular de cultivos.