La deficiencia de estrógenos es uno de varios factores que contribuyen a los cambios catabólicos en el hueso que rodea los implantes dentales, lo que dificulta la reparación ósea en defectos que requieren regeneración ósea. Funcionalizar sustitutos óseos es un enfoque alternativo entre varias estrategias para abordar este desafío. En este estudio, el objetivo fue evaluar el efecto de funcionalizar hueso bovino desproteinizado (Bio-Oss, BO) con genisteína a través de sonicación en defectos óseos peri-implantarios en ratas ovariectomizadas. Los animales fueron distribuidos aleatoriamente según el tratamiento en los siguientes cuatro grupos (n = 10): BO sonicado con genisteína (BOS + GEN), BO sonicado solo (BOS), BO no tratado (BO) y solo coágulo sanguíneo (CLOT). Después de veintiocho días, se determinó el torque de extracción del implante y se calcularon los parámetros óseos peri-implantarios basados en microtomografía computarizada. Además, se evaluó la expresión génica de marcadores de recambio óseo. Como resultado principal, la funcionalización con genisteína aumentó el torque de extracción del implante y el volumen óseo peri-implantario en el grupo BOS + GEN en comparación con los grupos BOS y BO (ambos < 0.05). Estos hallazgos sugieren que la sonicación de hueso bovino desproteinizado funcionalizado con genisteína mejora la reparación ósea en defectos óseos peri-implantarios en ratas ovariectomizadas.