El objetivo del presente estudio fue investigar la diversidad genética y la resistencia antimicrobiana (RAM) durante la terapia con enrofloxacina en pollos de engorde afectados por colisepticemia. Se muestrearon tres granjas no relacionadas con brotes en curso de colibacilosis en el día 1 antes del tratamiento y en los días 5, 10 y 24 post-tratamiento. Se recolectaron un total de 179 aislamientos de órganos extraintestinales y se sometieron a serotipificación, PFGE y la concentración mínima inhibitoria (CMI) contra enrofloxacina. Los clústeres de PFGE cambiaron de 3-6 en D1 a 10-16 en D5, D10 y D24, sugiriendo una mayor diversidad poblacional después del tratamiento. La mayoría de las cepas pertenecían a NT u O78 y a ST117 o ST23. Los resultados de PFGE fueron confirmados con la llamada SNP: no se identificaron aislamientos persistentes. Se observó un aumento en la resistencia a fluoroquinolonas en los aislamientos a lo largo del tratamiento. Los análisis del resistoma revelaron genes junto con mutaciones en los genes. Curiosamente, a pesar de la presión selectiva de fluoroquinolonas, los plásmidos portadores de no persistieron. Por el contrario, dos clústeres de plásmidos de RAM conjugativos (AB233 y AA474) que albergaban genes de RAM diferentes a fueron persistentes, ya que se identificaron en los genomas de D1 y D10 en dos granjas. Se deben realizar más estudios para confirmar la persistencia de plásmidos no asociados (in vivo) a la presión selectiva antimicrobiana.