Un conocimiento adecuado y comprensión de la diversidad genética y las relaciones entre rasgos entre líneas puras élite de maíz son cruciales para determinar estrategias de cría y predecir el rendimiento de híbridos. Los objetivos de este estudio fueron investigar la diversidad genética de 162 líneas puras tempranas de maíz tropical blanco y amarillo, y determinar la estructura de la población, los grupos heteróticos y las relaciones entre rasgos entre las líneas. Usando 9684 marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) DArT, se registró una diversidad genética (GD) de 0.30 para las líneas puras con un contenido de información polimórfica (PIC) que varía de 0.08 a 0.38. La relación genética entre las líneas puras evaluadas reveló seis grupos diferentes basados en la historia de selección, el color del endospermo y la genealogía. El análisis de biplot genotipo-por-rasgo (GT) identificó a la línea pura 1 (TZEI 935) como destacada en términos de tolerancia combinada al calor y la sequía (HD), con el análisis de índice base identificando 15 líneas puras superiores en el entorno de HD. Se observó una amplia gama de variabilidad genética entre las líneas puras, lo que indica que son un recurso invaluable para la cría de tolerancia a HD en programas de cría de maíz, especialmente en África Occidental y Central.