La soja es el cultivo de alta proteína más cultivado en el mundo. A pesar del rápido aumento de la superficie cultivada y del volumen de producción, la producción de soja en Europa representa solo el 34% de su consumo en Europa. Este estudio tiene como objetivo apoyar la explotación óptima de los recursos genéticos por parte de los programas de mejora europeos, investigando la diversidad genética y la estructura genética de 207 cultivares europeos o introducciones americanas registradas en Europa, que fueron genotipadas mediante el array SoySNP50K. La heterocigosidad esperada (H) fue de 0.34 para toda la colección y varió entre países desde 0.24 para los cultivares suizos hasta 0.32 para los cultivares americanos (reflejando en parte las diferencias en el tamaño de la muestra entre países). El análisis de clúster agrupó todos los genotipos en dos clústeres principales con ocho subgrupos que correspondían al país de origen de los cultivares y su grupo de madurez. Los valores F por pares entre los países de origen mostraron la mayor diferenciación de los cultivares suizos respecto al resto del acervo genético europeo, mientras que la menor diferenciación media se encontró entre las introducciones americanas y todos los demás países europeos. Por otro lado, los valores F entre los grupos de madurez fueron mucho más bajos en comparación con los observados entre países. En el análisis de varianza molecular, la variación genética total se particionó ya sea por país de origen o por grupo de madurez, explicando el 9.1% y el 3.5% de la varianza genética total, respectivamente. En general, nuestros resultados sugieren que el acervo genético de soja europeo aún tiene suficiente diversidad debido a las diferentes prácticas históricas de mejora en los países occidentales y orientales y al período relativamente corto de mejora en Europa.