La polilla de la manzana (CM), L., es una plaga importante de las manzanas en todo el mundo. La resistencia de CM a los insecticidas es un problema grave en la producción de manzanas. Para un manejo y control efectivos, es absolutamente necesario monitorear las poblaciones de CM resistentes. Por lo tanto, en este estudio, investigamos si es posible encontrar un patrón confiable de diferencias en las poblaciones de CM relacionadas con el tipo de método de control de manzanas. Los resultados genéticos mostraron un valor estimado bajo del índice de fijación en pares, F = 0.021, lo que indica una falta de diferenciación genética y estructuración entre las poblaciones genotipadas. Se utilizaron diferentes enfoques para analizar la estructura genética de las poblaciones de polilla de la manzana: modelo basado en Bayes de estructura poblacional (STRUCTURE), análisis de componentes principales (PCA) y análisis discriminante de componentes principales (DAPC). STRUCTURE agrupó los genotipos de CM en dos grupos distintos, y los resultados de PCA fueron consistentes con esto. El DAPC reveló tres grupos distintos. Sin embargo, los resultados mostraron que la diferenciación genética de la población entre huertos orgánicos e integrados no fue significativa. Para confirmar los resultados genéticos, se examinó la morfología del ala anterior de los mismos individuos de CM utilizando técnicas geométricas morfométricas basadas en los patrones de venación de 18 puntos de referencia. Los resultados geométricos mostraron una mayor sensibilidad y separaron tres grupos distintos. Se demostró que la morfometría geométrica es un método más sensible para detectar la variabilidad en los genotipos debido al manejo de control de plagas. Este estudio muestra la posibilidad de utilizar un método novedoso para un programa estratégico de manejo integrado de plagas (IPM) para CM que falta en Europa.