China tiene el mayor rendimiento de producción de almeja de Manila en el mundo. La mayoría de las semillas de almeja para la acuicultura provienen principalmente de la cría artificial en el sur de China, lo que probablemente resulta en la pérdida de variación genética y depresión por endogamia. Para entender la diversidad genética y de haplotipos, se analizaron 14 poblaciones de almejas muestreadas de diferentes regiones de China mediante tres marcadores moleculares. Basado en los resultados de los genes, las 14 poblaciones mostraron un nivel moderado a alto de diversidad genética, con una diversidad promedio de haplotipos de 0.9242 y una diversidad de nucleótidos de 0.05248. AMOVA mostró que había una diferenciación genética significativa entre todas las poblaciones. El análisis par a par mostró que la diferenciación genética alcanzó niveles significativos entre Laizhou y otras poblaciones. Dos poblaciones de Laizhou mostraron una gran divergencia de otras poblaciones, formando una rama independiente en el árbol filogenético. Los haplotipos compartidos Hap_2 y Hap_4 aparecieron con mayor frecuencia en la mayoría de las poblaciones de almejas. En contraste, el análisis de las poblaciones de almejas reveló que el haplotipo dominante Hap_2 representaba el 70% del número total de individuos. La diversidad de haplotipos de la población de Laizhou fue relativamente más alta que en otras poblaciones, mostrando múltiples haplotipos únicos. Estos hallazgos sobre la diversidad genética y de haplotipos de las poblaciones de almejas proporcionan información orientadora para la conservación de recursos genéticos y la mejora genética de la especie comercialmente importante.