El mejillón de concha dura desempeña un papel importante en la acuicultura de mejillones en China debido a su valor característico y nutritivo. En este estudio, se utilizan 10 loci de microsatélites para estudiar la diversidad genética y la estructura genética de siete poblaciones de localidades en áreas costeras de China. Los resultados de la amplificación y genotipificación muestran que la heterocigosidad observada y la heterocigosidad esperada son 0.61~0.71 y 0.72~0.83, respectivamente. Tiene una alta diversidad genética. El índice de endogamia de es significativamente positivo (0.14~0.19), lo que indica que podría existir endogamia dentro de las poblaciones. La estructura genética es débil dentro de las poblaciones del Mar de China Oriental. Todos los resultados mostraron que existían diferencias genéticas entre la población de Qingdao del Mar Amarillo y otras poblaciones del Mar de China Oriental. No se detecta un evento de cuellos de botella poblacional ni un evento de expansión en las poblaciones. Los resultados de este estudio pueden utilizarse para proporcionar información importante en unidades de gestión genética y en la utilización sostenible de recursos, y ofrecer una mejor comprensión de la estructura genética de bivalvos marinos con una etapa larval planctónica similar en el Mar de China.