El ciruelo japonés (Lindl.) está ampliamente distribuido en zonas templadas de todo el mundo. Desde su introducción en los Estados Unidos a finales del siglo XIX, esta especie ha sido hibridada con hasta 15 especies diploides diferentes. Este alto nivel de introgresión ha dado lugar a una amplia gama de rasgos y comportamientos agronómicos entre las variedades actualmente cultivadas. En este trabajo, se genotiparon 161 accesiones de tipo ciruelo japonés utilizando un conjunto de ocho marcadores de Repeticiones Simples de Secuencia (SSR) para evaluar la diversidad genética actual y la estructura de la población. Se detectaron un total de 104 alelos, con un promedio de 13 alelos por locus. El valor total de Contenido Informativo Polimórfico (PIC) de los marcadores SSR fue de 0,75, lo que indica que estos marcadores SSR son altamente polimórficos. El dendrograma del Método de Agrupación de Pares No Ponderado con Aritmética (UPGMA) y los siete grupos inferidos por el Análisis Discriminante de Componentes Principales (DAPC) revelaron una fuerte correlación de la estructura de la población con el origen parental de las accesiones, respaldada por una diferenciación genética moderada pero altamente significativa. Los resultados reportados en este documento proporcionan información útil para los criadores y para la preservación de los recursos de germoplasma.