La población de alpacas consiste principalmente en el fenotipo Huacaya y está ampliamente distribuida en el sur de Perú. Este estudio tuvo como objetivo estimar la diversidad genética y la estructura poblacional de dos poblaciones de alpacas Huacaya (Ajoyani y Quimsachata) utilizando catorce y doce marcadores de microsatélites para cada población, respectivamente. Un total de 168 muestras biológicas de alpacas fueron externalizadas a laboratorios peruanos para la extracción de ADN y genotipado. Para la diversidad genética, se estimaron la heterocigosidad observada (H), la heterocigosidad esperada (H), el contenido de información de polimorfismo (PIC) y los valores de índices de fijación. Se realizó un análisis de mezcla para el análisis de la estructura poblacional. Se utilizaron diferentes programas para estas estimaciones. En total, se encontraron 133 (Ajoyani) y 129 (Quimsachata) alelos, con un rango de 4 a 17 por locus. La media de H, H y PIC por marcador para Ajoyani fue de 0.764 +/- 0.112, 0.771 +/- 0.1 y 0.736; para Quimsachata, fueron 0.783 +/- 0.087, 0.773 +/- 0.095 y 0.738, respectivamente. La estructura poblacional no mostró estructura con K = 2. Este estudio proporciona indicadores útiles para la creación de programas de conservación de alpacas apropiados.