En el germoplasma de manzana croata, presumiblemente existen genotipos únicos que aún no han sido documentados en bases de datos moleculares de referencia. Debido a las similitudes entre accesiones, a menudo se utilizan nombres incorrectos, lo que crea un problema en la identificación de las accesiones. En general, 169 accesiones de manzana y 11 cultivares de referencia de la colección de manzanas ex situ más grande de la República de Croacia fueron investigados en este estudio. Las accesiones examinadas han sido genotipadas utilizando marcadores SSR. Con el fin de evaluar la ventaja de un sistema de marcadores de alta resolución, como SNPs, en comparación con marcadores de baja resolución, como SSRs, un subconjunto de 23 accesiones únicas de manzana y ocho cultivares de referencia fueron genotipados utilizando el array de SNP Affymetrix Axiom de 480K. Los resultados obtenidos a través del uso de dos sistemas de marcadores revelaron 26 sinónimos, 40 duplicados, 13 accesiones con etiquetado incorrecto, 45 accesiones con identidad confirmada (cultivares conocidos) y 45 accesiones únicas, así como la verdadera identidad de un gran número de accesiones, actualmente mantenidas en el Banco de Germoplasma Nacional de Manzana de Croacia. Con el fin de investigar la variabilidad pomológica de las manzanas únicas, se llevó a cabo un estudio de tres años sobre once rasgos pomológicos. El germoplasma investigado muestra una diversidad excepcional de propiedades pomológicas. Muchas de las accesiones pueden considerarse únicas, y los resultados de la caracterización pomológica indicaron que este germoplasma contiene rasgos valiosos de interés para futuros programas de cría.