Los mares de China Oriental y Meridional son ricos en recursos marinos, pero también están bajo una gran presión debido al cambio climático y las actividades humanas. Se considera que mantener la diversidad y la conectividad entre las comunidades es efectivo para mitigar estas presiones. Para evaluar la diversidad y la conectividad entre las poblaciones en los mares de China Oriental y Meridional, se estudiaron 15 poblaciones de o cerca de 15 áreas marinas protegidas en los dos mares utilizando marcadores genéticos. Los resultados mostraron que las poblaciones tenían alta diversidad, y los resultados de un análisis jerárquico de varianza molecular y el índice de fijación encontraron que no había estructuras genéticas significativas entre estas poblaciones. Se observó un alto flujo genético histórico y altas tasas de migración entre las poblaciones mediante Migrate-n. Además, las secuencias mostraron una tasa de migración asimétrica con una tasa de migración más alta de sur a norte que de norte a sur. Esta información podría proporcionar recomendaciones para la gestión de áreas marinas protegidas en los mares de China Oriental y Meridional.