Entender la conectividad genética de la población es crucial para la sostenibilidad y persistencia de la biodiversidad marina. Como una macroalga fundamental para la construcción de arrecifes en el ecosistema costero, Decaisne es una de las algas marinas intermareales dominantes en la región del Indo-Pacífico. Sin embargo, su estructura genética y conectividad poblacional han sido poco reconocidas. Aquí, exploramos la estructura genética poblacional y la conectividad genética utilizando cloroplasto A, 3-14 y L. Nuestros resultados indicaron baja diversidad genética y una estructura genética poblacional superficial a nivel intraespecífico, descubriendo cinco grupos genéticos con seis linajes subdivididos en A y dos clústeres genéticos en 3-14. Detectamos una expansión demográfica en el último período glacial del Pleistoceno y un flujo genético significativamente asimétrico entre diferentes unidades geográficas. Sugerimos que las corrientes oceánicas hacia el suroeste bajo la influencia del monzón del noreste en la región del Indo-Pacífico son el principal factor que da forma a la estructura genética actual, y la reproducción asexual también juega un papel importante en el patrón de baja diversidad genética; además, la divergencia entre clústeres genéticos podría estar relacionada con el aislamiento histórico provocado por la oscilación paleoclimática en el Pleistoceno. Las Islas Xisha en el norte del Mar de China Meridional podrían servir como un refugio potencial de , que necesita atención adicional para la gestión de la conservación. Dada la limitación del tamaño de la muestra, necesitamos realizar más trabajo de campo y llevar a cabo investigaciones adicionales a mayor escala en el futuro. Nuestro estudio proporcionó nuevas perspectivas sobre la teoría de la conectividad poblacional en la región del Indo-Pacífico y proporcionó una base científica para la conservación de algas marinas costeras tropicales.