Las oscilaciones climáticas del Pleistoceno (PCO) que provocaron varios ciclos de períodos glaciares-interglaciares se piensa que han afectado profundamente la distribución, riqueza y diversidad de especies en todo el mundo. Si bien el efecto de las PCO en la dinámica de poblaciones en latitudes templadas es bien conocido, quedan considerables preguntas sobre su impacto en la biodiversidad de las montañas neotropicales. Aquí, utilizamos marcadores moleculares de polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLPs) para investigar la filogeografía y la estructura genética de 13 especies de plantas pertenecientes al género de las gencianas (Gentianaceae) en los Andes tropicales. Estas hierbas leñosas, arbustos o pequeños árboles muestran relaciones complejas y potencialmente reticuladas, incluyendo especies crípticas. Mostramos que las poblaciones en el sistema seco del río Marañón en el norte de Perú tienen niveles más bajos de diversidad genética en comparación con otras especies muestreadas. Sugerimos que esto se debe a un reciente cuello de botella demográfico resultante de la contracción de los bosques húmedos montanos en refugios debido a la expansión del sistema seco en el valle durante los ciclos glaciares de las PCO. Esto puede implicar que los ecosistemas de diferentes valles de los Andes podrían haber respondido de manera diferente a las PCO.