El ganado de pastoreo rojo chino (CRS) está bien adaptado a los entornos locales, pero tiene rendimientos de leche moderados, mientras que los Holstein chinos (HOL) ofrecen una alta producción de leche a costa de la diversidad genética y la adaptabilidad. Al comparar 61 CRS y 392 HOL utilizando datos de SNP a nivel genómico, caracterizamos su estructura genética, rastreamos sus historias demográficas e identificamos regiones bajo selección. Encontramos que los ancestros de CRS y HOL divergieron hace aproximadamente 3500 años y que ambas razas han experimentado recientes disminuciones en el tamaño de la población. Es importante destacar que identificamos 767 genes candidatos, con un grupo de genes de la familia ACSM en el cromosoma 25, central para el metabolismo del butanoato (butirato), mostrando la señal de selección más fuerte. También descubrimos selección en vías involucradas en el plegamiento de proteínas, el equilibrio iónico y el procesamiento de ARN, que son cruciales para la síntesis de leche. Estos hallazgos proporcionan objetivos genéticos potenciales para mejorar la producción de leche en CRS, que podrían ser validados a través de estudios funcionales e incorporados en programas de selección genómica, mejorando así los rasgos de producción mientras se preservan las valiosas características adaptativas de la raza.