La salinidad del suelo es una de las limitaciones de la producción de cultivos en Egipto. Los objetivos de este estudio fueron identificar regiones genómicas asociadas con el peso del grano y sus rasgos relacionados junto con sus índices de tolerancia a la salinidad y identificar los genotipos más tolerantes a la salinidad y de alto rendimiento. Por lo tanto, evaluamos una población de mapeo de retrocruzamiento avanzado de cebada en suelo recién reclamado bajo dos niveles de salinidad de acuíferos subterráneos en el sur del Sinaí, Egipto. Detectamos QTL significativos asociados con atributos relacionados con el peso del grano y el índice de tolerancia a la salinidad (STI) distribuidos en todo el genoma de cebada, que pueden usarse para mejorar la tolerancia a la salinidad. Además, los marcadores bPb-3739 (4H, 96.3 cM), AF043094A (5H, 156 cM), bPb-8161 (7H, 2.22 cM) y bPb-5260 (7H, 115.6 cM) fueron las regiones genómicas identificadas más importantes correspondientes a los genes de vernalización, enanismo y dehidrina, que están correlacionados con la tolerancia a la salinidad. Además, las líneas haploides dobles SI001, SI043, SI044, SI028, SI242, SI035 y SI005 tuvieron los valores de STI más altos basados en el promedio de rendimiento. El presente estudio demostró que la cebada silvestre y de élite albergan alelos valiosos novedosos, que pueden enriquecer la base genética de la cebada cultivada y mejorar los rasgos agronómicos cuantitativos en condiciones de salinidad.