Turquía se considera un área evolutiva importante para la perdiz chukar, ya que es tanto un área ancestral potencial como un centro de diversificación para la especie. Utilizando 2 marcadores mitocondriales (Cty-b y D-loop) y 13 marcadores microsatélites polimórficos, investigamos la estructura genética geográfica de las poblaciones para determinar cómo las fluctuaciones climáticas pasadas y las actividades humanas han moldeado el acervo genético de esta especie en Turquía. Nuestros resultados indican, en primer lugar, que solo el género está presente en Turquía (Anatolia y Tracia), sin flujo génico natural o artificial de congéneres. En segundo lugar, la estructura genética geográfica de la especie en Turquía ha sido moldeada por la heterogeneidad topográfica, las fluctuaciones climáticas del Pleistoceno y el transporte artificial por humanos. En tercer lugar, parece haber tres clústeres genéticos: Tracio, Oriental y Occidental. En cuarto lugar, la expansión demográfica posterior al LGM de las poblaciones Oriental y Occidental ha formado una zona híbrida en Anatolia Central (~8 kyBP). En quinto lugar, la tasa de contaminación del clado-B de China en Turquía es de aproximadamente el 8% en mtDNA y alrededor del 12% en nuDNA, siendo la población del sureste de Anatolia la que presenta la mayor contaminación. En sexto lugar, la población tracia fue la más genéticamente distinta, con la menor diversidad genética y el mayor nivel de endogamia y sin contaminación del clado-B de China. Estos resultados pueden contribuir a la conservación de las poblaciones, especialmente la población tracia.