Las complejas interacciones entre los animales hospedadores y su microbiota intestinal ofrecen nuevas vías para mejorar la utilización de energía y la eficiencia de producción en la ganadería. Más de una década después de su introducción, el concepto de enterotipo continúa siendo estudiado y ampliado a áreas como los tipos de microbiota humana (por ejemplo, tipo vaginal, tipo oral) y tipos ambientales (por ejemplo, tipo de suelo, tipo marino). En este estudio, aplicamos este concepto a la microbiota del rumen de las ovejas. Al analizar la microbiota del rumen de 1150 ovejas, identificamos dos tipos distintos de microbiota del rumen, E1 y E2, y examinamos sus efectos en varios rasgos. Las ovejas con el E2 demostraron un mejor crecimiento y calidad de la carne, pero una menor eficiencia alimentaria y una mayor deposición de grasa. El enterotipo del rumen está influenciado por el genoma de la oveja, y identificamos cinco marcadores genómicos asociados con el enterotipo que afectan la composición de la microbiota específica del rumen.