Una colección de ciruelas ubicada en la isla de La Palma, Islas Canarias, compuesta por veintinueve ciruelas europeas y japonesas fue analizada utilizando nueve loci altamente polimórficos de secuencia simple repetida (SSR). Primero, se realizó un análisis de citometría de flujo para determinar el nivel de ploidía. Dieciséis accesiones resultaron diploides y trece hexaploides. Según las características morfológicas, catorce de las dieciséis accesiones diploides fueron asignadas a , y dos accesiones a . Todas las accesiones hexaploides fueron asignadas a . Las 29 accesiones fueron comparadas utilizando marcadores SSR con veintidós accesiones mantenidas en la colección de germoplasma de ciruela del CITA ubicada en Zaragoza, Aragón, España. Un análisis de componentes principales (PCA) y un enfoque de agrupamiento agruparon las accesiones según la especie asignada y la ubicación geográfica, mientras se encontraron algunos sinónimos y homónimos dentro de las accesiones de La Palma. Los dos componentes principales explicaron el 80,3% (67,3% y 13%, respectivamente) de la varianza total. Un árbol generado con el agrupamiento jerárquico UPGMA y la distancia de Bruvo agrupó las accesiones en dos clústeres principales según el nivel de ploidía y la asignación de especies. El enfoque de STRUCTURE diferenció claramente las accesiones diploides de La Palma y algunas de las accesiones hexaploides de las de la colección del CITA. Los resultados obtenidos podrían ser utilizados para fines de gestión y conservación de este valioso germoplasma local de ciruela.