México tiene una riqueza de especies, lo que ha llevado al desarrollo de un gran número de razas locales de chile. Una gran riqueza de germoplasma se puede encontrar en el sur de México en la Península de Yucatán, una importante área de diversificación de . Específicamente, en la parte occidental de la Península de Yucatán, se ha informado de tres de las cinco especies domesticadas de (, y ). Sin embargo, la información sobre su diversidad genética, estado de conservación y uso potencial es escasa. Para generar información útil hacia el uso sostenible, manejo y conservación de estas especies, evaluamos la estructura, diversidad y relaciones genéticas de nueve accesiones de spp., de gran importancia cultivadas en la parte occidental de la Península de Yucatán utilizando 42 loci ISSR. Los resultados indicaron que estas accesiones consistían en tres grupos genéticos que fueron definidos por las respectivas especies de cada acceso. El nivel de diversidad genética fue moderado y se distribuyó principalmente entre las accesiones. Los marcadores ISSR detectaron un alto nivel de polimorfismo y permitieron la diferenciación genética del complejo. Los resultados indicaron que las accesiones recolectadas en la parte occidental de la Península de Yucatán constituyen un valioso recurso genético que puede ser utilizado en programas de mejora genética y conservación.