Los frijoles de soya ((L.) Merr.) con cubiertas de semillas negras y cotiledones verdes son ricos en antocianinas y clorofilas conocidas como nutrientes funcionales, antioxidantes y compuestos con propiedades anticancerígenas. Comprender la diversidad genética del germoplasma es importante para determinar estrategias efectivas para mejorar los rasgos económicos de estos frijoles de soya. Nuestro objetivo fue analizar la diversidad genética de 470 accesiones de soya mediante 6K loci polimórficos de nucleótido único para determinar la arquitectura genética de los frijoles de soya con cubiertas de semillas negras y cotiledones verdes. Encontramos que los frijoles de soya con cubiertas de semillas negras y cotiledones verdes mostraron una variabilidad genética estrecha en Corea del Sur. La frecuencia genotípica de los y variantes para cotiledón verde indicó que las colecciones de soya de Corea estaban mezcladas con accesiones de soya de Japón y China. En cuanto al contenido de clorofila, el par de variantes genéticas nucleares produjo un contenido de clorofila significativamente mayor que el de las variantes del genoma del cloroplasto. Entre las accesiones de soya en este estudio, el color de la flor juega un papel importante en la composición de antocianinas de las cubiertas de semillas. Proporcionamos 36 accesiones como una colección central que representa el 99.5% de la diversidad genética de las accesiones totales utilizadas en este estudio para mostrar el potencial como materiales de cría útiles para cultivares con cubiertas de semillas negras y cotiledones verdes.