Para evaluar la variabilidad genética y la respuesta de las plántulas a una raza dominante de roya amarilla en el germoplasma del norte y centro de Europa, utilizamos una población de 229 cultivares y líneas de cría de trigo de invierno para un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS). Se observó una amplia variación en la severidad de la enfermedad de la roya amarilla (basada en tipos de infección 1-9) en este panel. Se encontraron cuatro líneas de cría, TS049 (de Austria), TS111, TS185 y TS229 (de Alemania), y un cultivar, TS158 (KWS Talent), de Alemania, que eran resistentes. El GWAS identificó cinco SNPs significativos asociados con la roya amarilla en los cromosomas 1B, 2A, 5B y 7A, mientras que un SNP en el cromosoma 5B estaba asociado con la enfermedad. Para la resistencia, descubrimos un nuevo QTL para la resistencia a la roya amarilla asociado con el marcador en el cromosoma 1B. Los alelos resistentes G y T en los loci de marcadores en el cromosoma 1B y en el cromosoma 5B mostraron los mayores efectos (1.21 y 0.81, respectivamente) sobre la severidad. Nuestros resultados proporcionan la base para la cría de resistencia basada en el conocimiento frente al enorme impacto de la raza en la producción de trigo en Europa.