Las características morfológicas de la panoja de arroz juegan un papel fundamental en la influencia del rendimiento. En nuestra investigación, empleamos poblaciones F y F derivadas de la variedad híbrida de arroz de alto rendimiento Chaoyou 1000. Seleccionamos 123 pares de marcadores moleculares disponibles para construir el mapa de ligamiento genético. Posteriormente, evaluamos los rasgos morfológicos de la panoja de las poblaciones F en el condado de Lingshui, provincia de Hainan, en 2017, y las poblaciones F en la ciudad de Hangzhou, provincia de Zhejiang, en 2018. Estas dos ubicaciones representan dos tipos de ecología. El clima de Hangzhou se caracteriza por altas temperaturas y humedad, mientras que el clima de Lingshui se caracteriza por un clima monzónico tropical. En total, se identificaron 33 QTL, de los cuales ocho son nuevos, y dos de ellos se detectaron de manera consistente en dos entornos distintos. Identificamos catorce interacciones QTL-por-entorno (QEs), que explicaron colectivamente entre el 4.93% y el 59.95% de la variación fenotípica. Si bien la mayoría de los QTL detectados son consistentes con los resultados de pruebas anteriores, los QTL detectados de manera novedosa sentarán las bases para el aumento del rendimiento del arroz y la mejora molecular.