Se ha hipotetizado que la dinámica de los ríos influye sustancialmente en la estructura genética de los taxones de peces de agua dulce. El sur de China alberga abundantes sistemas fluviales independientes, que han sufrido reordenamientos históricos. Este sistema fluvial es, por lo tanto, un excelente modelo para probar la hipótesis mencionada. En este estudio, se eligió una especie de ciprínido ampliamente distribuida en muchos ríos independientes del sur de China como especie ejemplar para explorar los efectos de los cambios en la configuración de los ríos sobre la estructura genética espacial utilizando marcadores mitocondriales y nucleares. Los resultados indicaron que las poblaciones se dividieron en cuatro grupos de haplotipos mitocondriales, cada uno genéticamente endémico de un solo río o de dos sistemas fluviales adyacentes. La red de haplotipos mitocondriales recuperó un claro límite genético entre las poblaciones de la isla de Hainan y las poblaciones del continente. Se observó una notable diferenciación genética dentro de las poblaciones de distintos sistemas fluviales tanto en loci mitocondriales como nucleares. La separación de los sistemas fluviales, las barreras montañosas y la movilidad fueron los factores clave que moldearon la estructura genética de las poblaciones. Se identificó una divergencia en el Pleistoceno tardío y una inmigración histórica dentro de los cuatro grupos de haplotipos mitocondriales, lo que indica que los reordenamientos fluviales provocados por los ciclos glaciares del Pleistoceno tardío fueron impulsores importantes de la compleja estructura genética y la historia demográfica de la especie. La demografía histórica sugirió que las poblaciones se expandieron durante el Pleistoceno tardío. El presente estudio tiene importantes consecuencias para la gestión y conservación de la especie.