Los tipos y la morfología de los cuernos de oveja han sido objeto de una extensa investigación, sin embargo, la base genética que subyace a la aparición de diversas características de los cuernos durante la cría de ovejas tibetanas sin cuernos ha permanecido elusiva. Se realizó un análisis de asociación del genoma completo (GWAS) en 103 subtipos (cuerno grande normal, escobas y sin cuernos) diferenciados de G2 (descendencia (G2) de progenitor (G1) de sin cuernos) del núcleo de ovejas sin cuernos. Seis polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) ubicados en el cromosoma 10 del gen del receptor de péptidos de la familia relaxina 2 (RXFP2) mostraron correlaciones positivas con la longitud del cuerno, la circunferencia de la base del cuerno y el intervalo de la base del cuerno. Además, al genotipar a 382 individuos G2, se observaron variaciones significativas para cada tipo específico de cuerno. Se identificaron tres mutaciones adicionales cerca del SNP objetivo aguas arriba del producto de amplificación. Finalmente, el haplotipo específico de RXFP2 asociado con la característica de cuernos mantuvo efectivamente la longitud del cuerno, la circunferencia de la base del cuerno y el intervalo de la base del cuerno en las ovejas tibetanas, como se confirmó mediante la validación poblacional de nueve loci en una muestra de 1125 individuos. El presente estudio ofrece nuevas perspectivas sobre la diferenciación genética del tipo con cuernos durante la cría de mejora y la evolución, estableciendo así una sólida base teórica para la cría de ovejas tibetanas sin cuernos y proporcionando una valiosa guía para la producción práctica.