Antecedentes: El cáncer de piel es uno de los tipos de cáncer más frecuentes, y el carcinoma de células escamosas cutáneas (cSCC) constituye el 20% de los casos de cáncer de piel no melanoma (NMSC). Un gen supresor tumoral involucrado en la vía de señalización Sonic hedgehog juega un papel crucial en los procesos neoplásicos. Métodos: Se realizó un estudio analítico transversal, que abarcó 211 pacientes con cSCC y 290 individuos en un grupo de control (CG). Se consideró un subgrupo de muestras para el análisis de expresión relativa, y los resultados se obtuvieron utilizando PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) con sondas TaqMan. Se exploraron los efectos funcionales, de empalme y causantes de enfermedades de las variantes propuestas a través de bioinformática. Resultados: El cSCC fue predominante en hombres, especialmente en áreas expuestas al sol como la cabeza y el cuello. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas en relación con las variantes rs357564, rs2236405, rs2297086 y rs41313327, ni en el riesgo de cSCC, ni en la expresión de ARNm entre el grupo de cSCC y el CG. Se identificó un efecto funcional de rs357564 y una relación causante de enfermedad con rs41313327. Conclusión: Las variantes propuestas no se asociaron con el riesgo de cSCC en esta población mexicana, pero reconocemos la necesidad de analizar grupos poblacionales más grandes para elucidar el papel causante de enfermedad de variantes raras.