El gecko tokay es una especie de lagarto ampliamente distribuida en el sudeste asiático, con una importancia significativa en la medicina tradicional y el comercio de mascotas. Estudios previos utilizando secuencias de ADN mitocondrial revelaron una extensa variación genética en su rango, indicando la presencia de linajes evolutivos distintos. En este estudio, evaluamos la variación genética nuclear y el patrón filogenético utilizando el gen de activación de recombinación 1. Analizamos 105 secuencias de 16 localidades en Tailandia, Laos y Camboya, junto con secuencias adicionales de GenBank. El análisis de secuencias reveló 20 sitios variables y 20 haplotipos (TgR1-TgR20). La red de haplotipos y los análisis filogenéticos revelaron una fuerte estructuración regional y al menos tres linajes evolutivos distintos (A-C), respaldados por la prueba de delimitación de especies (PTP). Tanto los morfos de manchas rojas como de manchas negras estaban presentes en diferentes clados, lo que indica que la coloración externa no corresponde a la diferenciación genética en este locus. Nuestros resultados apoyan la presencia de linajes evolutivos distintos y enfatizan la importancia de la taxonomía integrativa para una delimitación precisa de especies. Estos hallazgos tienen implicaciones para la conservación, la gestión sostenible y la regulación del comercio internacional de esta especie explotada comercialmente.