La Universidad Agraria Estatal de Michurinsk (Michurinsk SAU) es uno de los principales centros para la cría de portainjertos clonales de manzana. Se mantiene en la Michurinsk SAU una colección diversa de portainjertos de manzana, fundada en la década de 1930 por V.I. Budagovsky. En el presente estudio, se analizaron 87 portainjertos de esta colección utilizando 18 marcadores SSR para evaluar su diversidad genética y relación. El nivel de polimorfismo detectado fue bastante alto en comparación con las estimaciones anteriores de la variabilidad genética de los portainjertos de manzana. Se detectaron un total de 199 alelos con un promedio de 11.1 alelos por locus. Entre los alelos detectados, 67 (33.67%) eran raros y 43 (21.61%) eran únicos. El valor promedio de PIC fue de 0.73, y la heterocigosidad esperada y observada promedió 0.76 y 0.69, respectivamente. Todos los accesos estudiados, excepto dos, pudieron ser identificados con el conjunto de marcadores utilizados. El análisis de clúster reveló varios grupos según los pedigríes y el origen genético de los portainjertos. Además, el análisis de Estructura reveló dos grupos principales de los accesos de portainjertos estudiados. No se detectó una diferenciación significativa de la muestra estudiada según la capacidad de enanismo, mientras que se detectó una débil diferenciación según el color de las hojas. Los datos de genotipificación SSR pueden ser utilizados para la identificación de portainjertos y la verificación de pedigríes, y facilitarán la gestión de la colección. Además, los datos sobre la diversidad genética y la estructura de la colección estudiada pueden ser útiles para el desarrollo futuro del programa de cría de portainjertos de la Michurinsk SAU.