En este estudio, se evaluaron las diversidades genéticas de 12 genotipos de arroz (L.), que representan variedades Indica, Japonica e Indica-Japonica, utilizando doce marcadores ISSR y cinco marcadores SSR. Además, los genotipos de arroz fueron evaluados por 11 rasgos agromorfológicos en un ensayo de dos años. Se realizó un mapeo de asociación para detectar cualquier asociación entre los marcadores de ADN y los rasgos agromorfológicos. Se llevó a cabo un análisis de asociación considerando la parentela relativa entre los genotipos y teniendo en cuenta la estructura de la población utilizando el enfoque del modelo mixto unificado para evitar posibles asociaciones falsas positivas. Setenta y tres alelos fueron producidos colectivamente por ISSRs y SSRs, con un promedio de 6.3 y 2.8 alelos por locus, respectivamente. Ambos sistemas de marcadores fueron informativos, y el contenido promedio de información de polimorfismo fue de 0.222 y 0.352 para ISSRs y SSRs, respectivamente. La heterocigosidad esperada promedio fue de 0.264 para ISSRs en comparación con 0.457 para SSRs. Después de utilizar el método de tasa de descubrimiento falso (FDR), el análisis de asociación reveló un total de 12 asociaciones significativas entre marcadores y rasgos agromorfológicos, incluyendo el número de granos no llenados en la panícula, longitud de la panícula, peso de la panícula, número de panículas por planta, número de macollos por planta y peso de 1000 granos. Los ISSRs mostraron siete asociaciones significativas con cinco marcadores, mientras que los SSRs mostraron tres asociaciones significativas con tres marcadores. La varianza fenotípica explicada por cada marcador osciló entre 29.2% para el marcador ISSR HB11 (asociado con peso de 1000 granos) y 49.3% para el marcador ISSR HB8 (asociado con el número de macollos por planta). Las asociaciones entre marcadores y rasgos identificadas pueden mejorar la ganancia esperada de futuros programas de mejoramiento de arroz basados en la genética, especialmente aquellos diseñados para mejorar rasgos relacionados con el grano o la cosecha.