Las cucurbitáceas son cultivos económicos importantes en todo el mundo. Sin embargo, la enfermedad de la curvatura de la hoja de las cucurbitáceas (CuLCD), causada por begomovirus transmitidos por moscas blancas, limita su producción. En el sudeste asiático, tres begomovirus principales, (ToLCNDV), (SLCCNV) y (SLCuPV) están asociados con CuLCD. SLCuPV y SLCCNV fueron identificados en Luzón, Filipinas. Aquí, se estudió la diversidad genética y la distribución geográfica de los begomovirus asociados con CuLCD en Filipinas, basándose en 103 begomovirus detectados de 249 muestras de cucurbitáceas recolectadas en 60 ubicaciones a lo largo del país en 2018 y 2019. La presencia de SLCCNV y SLCuPV en toda Filipinas fue confirmada mediante detección de PCR de begomovirus y análisis de secuencias de ADN viral. Se determinó que SLCuPV es un begomovirus predominante asociado con CuLCD y se agrupó en dos cepas. Curiosamente, SLCCNV fue detectado en calabaza y calabaza de botella sin ADN viral-B asociado y con infección mixta con SLCuPV. Además, se confirmó la patogenicidad de aislamientos seleccionados de SLCCNV y SLCuPV. Los resultados proporcionan diversidad genética del virus asociada con CuLCD para una mejor gestión de la enfermedad, especialmente en el desarrollo de cultivares resistentes a la enfermedad en Filipinas, así como en el sudeste asiático.