El plátano es uno de los principales cultivos de frutas y dinero en efectivo de Pakistán. La falta de información sobre la diversidad genética y la pureza dentro de las variedades de plátano cultivadas localmente es un gran obstáculo para mejorar su genética. Debido a la existencia de un fondo genético estrecho, es muy importante encontrar variaciones genómicas en las variedades de plátano. Las técnicas basadas en marcadores de ADN se han utilizado para caracterizar eficazmente las variedades de plátano. En el estudio actual, se utilizaron marcadores de Repeticiones Simples Interespecíficas (ISSR) para caracterizar los cultivares de plátano y evaluar la diversidad genética de 14 variedades locales de plátano cultivadas en Pakistán. De los 45 cebadores utilizados, 40 cebadores mostraron resultados reproducibles y produjeron 121 bandas polimórficas, lo que contribuyó a una proporción de 47.87 polimorfismo. Los ISSR UBC-835 y UBC-834 poseían el mayor PIC que oscilaba entre (86-88%) en las variedades de plátano, mientras que el PIC más bajo (46%) se detectó en el caso del marcador UBC-857 con un tamaño de producto de PCR de (100-1500 pb). También se calcularon los valores del coeficiente de similitud de Jaccard por pares, que oscilaron entre 0.56-0.88. El análisis multivariado dividió las 14 variedades de plátano en dos grupos distintos-A y B respectivamente-y además en subgrupos, grupos y subgrupos. Nuestros resultados indicaron que a nivel molecular, las variedades de plátano en el grupo-A resultaron ser 66% similares, mientras que en el grupo B fueron 88% similares. La diversidad genética de Nei, el análisis de PCA y un árbol de expansión mínima representaron a Fenjiao, Dajiao y NIGAB-2 como los miembros más diversos en comparación con todas las demás variedades de las tres poblaciones. De las 14 variedades utilizadas, 11 variedades fueron identificadas de manera única por 54 bandas ISSR polimórficas de diferentes tamaños. Algunas variedades como NIGAB-2 y NIGAB-3 fueron identificadas de manera única solo con una banda, mientras que otras fueron etiquetadas por múltiples bandas únicas. En el futuro, este estudio se utilizará para establecer un protocolo basado en moléculas para la identificación de variedades de plátano.