El cambio climático está impulsando la propagación de enfermedades del trigo transfronterizas, lo que requiere el desarrollo de variedades de trigo resistentes para una agricultura sostenible. Las royas del trigo, incluyendo la roya de la hoja (LR), la roya amarilla (YR) y la roya del tallo (SR), siguen siendo algunas de las enfermedades más económicamente significativas, causando pérdidas sustanciales en los rendimientos a nivel mundial. Mejorar la diversidad genética mediante la identificación y el uso de genes de resistencia a la roya es crucial para una resistencia duradera en los programas de mejoramiento del trigo. Este estudio tuvo como objetivo identificar loci de rasgos cuantitativos (QTL) asociados con la resistencia a la roya en la línea de trigo Kasuku de CIMMYT, liberada en Kenia en 2018. Se evaluó una población de líneas recombinantes (RIL) (181 líneas) derivadas de Kasuku (triple resistente a la roya) y Apav#1 (triple susceptible a la roya) bajo epidemias artificiales de LR y YR en México y YR y SR en Kenia. El mapeo de QTL utilizando genotipificación por secuenciación (DArTSeq) y datos fenotípicos identificó cuatro loci principales: (//) en 1BL, que confiere resistencia a LR, YR y SR; (/) en 2AS, que proporciona resistencia a LR y YR; en 3AL; y en 6AL, que representan loci novedosos asociados con múltiples resistencias a la roya. Además, también se identificaron QTL menores: para LR (en 2DS, en 6DS), para YR (en 3DS, en 6BS) y para SR (en 2BS, en 5AL, en 6AS). Las RIL que portan estas combinaciones de QTL mostraron reducciones significativas en la severidad de la roya. Se están utilizando marcadores flanqueantes para estos loci para desarrollar marcadores de PCR específicos de alelos competitivos (KASP) para un mapeo fino y selección asistida por marcadores (MAS). Estos hallazgos contribuyen al despliegue estratégico de genes de resistencia a la roya en los programas de mejoramiento del trigo, facilitando una resistencia duradera a múltiples patógenos de la roya.