La soja es un cultivo importante para la alimentación, materia prima industrial y alimento en el mundo debido a sus componentes ricos. Hay una larga historia de cultivo de soja con diferentes tipos y recursos abundantes en la provincia de Zhejiang en China. Es importante entender la diversidad genética así como la variación fenotípica para la mejora de la soja. El objetivo de este estudio fue analizar tanto las características genéticas como fenotípicas de las 78 variedades locales de soja recolectadas y explorar una posible ventaja de los recursos de germoplasma para futuras aplicaciones. Estas 78 variedades locales de soja de tipo otoñal han sido propagadas, identificadas y evaluadas tanto en 2021 como en 2022. Hubo variaciones agronómicas, de calidad y genéticas según los análisis integrales. Hubo una buena consistencia entre el tamaño de la semilla y el color de la cáscara de la semilla. Se encontraron diferencias significativas en el contenido de proteínas, grasas y azúcares de las semillas según el color de la cáscara. Estas variedades locales de soja fueron genotipadas utilizando 42 marcadores de repeticiones en tándem simples y luego se agruparon en dos grupos. Los dos grupos mostraron consistencia con el color de la cáscara de la semilla. Este estudio nos proporcionó una comprensión combinada tanto de la variación fenotípica como de la diversidad genética de las variedades locales de soja. Por lo tanto, se recomienda encarecidamente el cruce razonable entre diferentes tipos de soja.