El análisis del transcriptoma revela genes y vías clave asociadas con la regulación del tiempo de floración en el repollo (L. var.)
Autores: Wang, Jiao; Zhang, Bin; Guo, Huiling; Chen, Li; Han, Fengqing; Yan, Chao; Yang, Limei; Zhuang, Mu; Lv, Honghao; Wang, Yong; Ji, Jialei; Zhang, Yangyong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
El análisis del transcriptoma revela genes y vías clave asociadas con la regulación del tiempo de floración en el repollo (L. var.)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Tiempo de floración
Repollo
Análisis del transcriptoma
Genes expresados diferencialmente
Proteínas MADS-box
Vía reguladora
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
El tiempo de floración es un rasgo agronómico importante en el repollo (L. var.), pero el mecanismo regulador molecular subyacente a la regulación del tiempo de floración en el repollo sigue sin estar claro. En este estudio, se realizó un análisis de transcriptoma utilizando dos conjuntos de materiales de repollo: (1) la línea inbred de floración temprana C491 (P) y la línea inbred de floración tardía B602 (P), (2) los individuos de floración temprana F2-B y los individuos de floración tardía F2-NB de la población F. El análisis reveló 9508 genes expresados diferencialmente (DEGs) comunes a C491_VS_B602 y F2-B_VS_F2-NB. El análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGGs) mostró que la transducción de señales de hormonas vegetales y la vía de señalización MAPK estaban principalmente enriquecidas en genes sobreexpresados, y el ribosoma y la replicación del ADN estaban principalmente enriquecidos en genes subexpresados. Identificamos 321 homólogos de genes de tiempo de floración en el repollo. Entre ellos, se detectaron 25 DEGs (11 sobreexpresados y 14 subexpresados) en los dos grupos de comparación, y 12 patrones de expresión génica correspondían estrechamente con los diferentes tiempos de floración en los dos conjuntos de materiales. Dos genes que codifican proteínas MADS-box mostraron una expresión significativamente reducida en el progenitor de floración tardía B602 en comparación con el progenitor de floración temprana C491 a través de análisis de qRT-PCR, lo que fue consistente con los datos de RNA-seq. A continuación, se analizaron los niveles de expresión de estos genes en otros dos grupos de líneas inbred de floración temprana y tardía, que mostraron que sus patrones de expresión eran consistentes con los de los progenitores. El análisis de secuencias reveló que se identificaron tres y un SNP entre B602 y C491 en estos genes, respectivamente. Por lo tanto, estos genes fueron designados como candidatos para la regulación del tiempo de floración a través de una nueva vía reguladora potencial. Estos resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre los mecanismos moleculares subyacentes a la regulación del tiempo de floración en el repollo.
Descripción
El tiempo de floración es un rasgo agronómico importante en el repollo (L. var.), pero el mecanismo regulador molecular subyacente a la regulación del tiempo de floración en el repollo sigue sin estar claro. En este estudio, se realizó un análisis de transcriptoma utilizando dos conjuntos de materiales de repollo: (1) la línea inbred de floración temprana C491 (P) y la línea inbred de floración tardía B602 (P), (2) los individuos de floración temprana F2-B y los individuos de floración tardía F2-NB de la población F. El análisis reveló 9508 genes expresados diferencialmente (DEGs) comunes a C491_VS_B602 y F2-B_VS_F2-NB. El análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGGs) mostró que la transducción de señales de hormonas vegetales y la vía de señalización MAPK estaban principalmente enriquecidas en genes sobreexpresados, y el ribosoma y la replicación del ADN estaban principalmente enriquecidos en genes subexpresados. Identificamos 321 homólogos de genes de tiempo de floración en el repollo. Entre ellos, se detectaron 25 DEGs (11 sobreexpresados y 14 subexpresados) en los dos grupos de comparación, y 12 patrones de expresión génica correspondían estrechamente con los diferentes tiempos de floración en los dos conjuntos de materiales. Dos genes que codifican proteínas MADS-box mostraron una expresión significativamente reducida en el progenitor de floración tardía B602 en comparación con el progenitor de floración temprana C491 a través de análisis de qRT-PCR, lo que fue consistente con los datos de RNA-seq. A continuación, se analizaron los niveles de expresión de estos genes en otros dos grupos de líneas inbred de floración temprana y tardía, que mostraron que sus patrones de expresión eran consistentes con los de los progenitores. El análisis de secuencias reveló que se identificaron tres y un SNP entre B602 y C491 en estos genes, respectivamente. Por lo tanto, estos genes fueron designados como candidatos para la regulación del tiempo de floración a través de una nueva vía reguladora potencial. Estos resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre los mecanismos moleculares subyacentes a la regulación del tiempo de floración en el repollo.