Para la disección e identificación de los mecanismos de respuesta molecular al estrés salino en cannabis, se realizó un experimento que examinó la diversidad de características fisiológicas. Se llevó a cabo el perfilado de RNA-seq para identificar genes de expresión diferencial y vías que responden al estrés salino en diferentes materiales de cannabis. El resultado de los análisis de diversidad fisiológica mostró que es más sensible a los contenidos de prolina en K94 que en W20; se necesitaron 6 h para alcanzar el máximo en K94, en comparación con 12 h en W20. Para el perfilado de 0-72 h después del tratamiento, se identificaron un total de 10,149 genes con expresión diferencial, y 249 genes mostraron niveles de expresión significativamente diversos en K94, que se agruparon en la transducción de señales de hormonas vegetales y la vía de señalización MAPK. Un total de 371 genes mostraron variaciones significativas en la expresión en W20, que se agruparon en la biosíntesis de fenilpropanoides y la vía de transducción de señales de hormonas vegetales. La enriquecimiento de vías por genes identificados en K94 y W20 mostró una tendencia similar a los agrupados en las vías de transducción de señales de hormonas vegetales y la señalización MAPK. De lo contrario, hubo 85 genes que mostraron superposiciones entre los dos materiales, lo que indica que estos pueden ser genes subyacentes relacionados con el estrés salino en cannabis. El 86.67% de acuerdo entre el RNA-seq y qRT-PCR indicó la precisión y confiabilidad de la técnica de RNA-seq. Además, el resultado de la diversidad fisiológica fue consistente con los hallazgos basados en RNA-seq predichos. Esta investigación puede ofrecer nuevas perspectivas sobre las redes moleculares que median la respuesta del cannabis al estrés salino.