La melanina, que es un pigmento producido en los melanocitos, es un contribuyente importante al color del cuerpo de los pepinos de mar. Es uno de los genes más críticos en el desarrollo de melanocitos y en las vías de síntesis de melanina. Sin embargo, cómo regula el color del cuerpo y la diferenciación en los pepinos de mar se entiende poco. En este estudio, analizamos el nivel de expresión y la ubicación de MITF en pepinos de mar blancos, morados y verdes e identificamos los genes regulados por MITF utilizando inmunoprecipitación de cromatina seguida de secuenciación. Los niveles de expresión de ARNm y proteína de MITF fueron todos más altos en los morfos morados y más bajos en los morfos blancos. La hibridación in situ indicó que el ARNm de MITF se expresaba principalmente en la epidermis. También identificamos 984, 732 y 1191 picos de unión de MITF en pepinos de mar verdes, morados y blancos, que estaban asociados con 727, 557 y 887 genes, respectivamente. Nuestros hallazgos sugirieron que contribuyó a la diferenciación del color del cuerpo de los pepinos de mar verdes, morados y blancos a través de diferencias en la expresión y regulación de genes en la vía descendente. Estos resultados proporcionaron una base para futuros estudios para determinar los mecanismos subyacentes a la formación del color del cuerpo y ofrecieron información sobre la regulación genética en los pepinos de mar.