Los cocodrilos, que son un tipo de adaptación secundaria de los animales a un entorno acuático, pueden proporcionar la potencia necesaria para participar en diversas actividades vitales, incluso en ambientes acuáticos con bajo contenido de oxígeno. El desarrollo de las extremidades es un aspecto importante del crecimiento y desarrollo animal, ya que está estrechamente relacionado con el movimiento del cuerpo, el soporte, la producción de calor y otras funciones críticas. Para el caimán chino, la extremidad posterior es una de las principales fuentes de potencia, y su desarrollo y diferenciación influirán directamente en la capacidad de supervivencia en la naturaleza. Además, una mejor comprensión del proceso de desarrollo de la extremidad posterior proporcionará apoyo de datos para la genómica evolutiva comparativa y funcional de los cocodrilos. En este estudio, se investigaron los niveles de expresión de genes relacionados con el desarrollo de la extremidad posterior en los embriones de caimán chino durante el desarrollo fetal (en los días 29, 35, 41 y 46) a través de un análisis de transcriptoma. Se identificaron un total de 1675 genes expresados diferencialmente (DEGs) en diferentes etapas utilizando el software limma. Estos DEGs fueron analizados utilizando análisis de red de correlación ponderada (WGCNA), y se identificaron 4 módulos de expresión génica y 20 genes centrales que estaban asociados con el desarrollo de las extremidades posteriores en el caimán chino en diferentes períodos. Los resultados de la enriquecimiento de GO y la expresión de genes centrales mostraron que el desarrollo de la extremidad posterior de los embriones de caimán chino involucra el desarrollo de la estructura embrionaria, el sistema nervioso y el músculo de la extremidad posterior en la etapa temprana (H29) y el desarrollo de la capacidad metabólica ocurre en la etapa posterior (H46). Además, los resultados de enriquecimiento mostraron que la vía de señalización AMPK, la vía de señalización de calcio, la vía de señalización HIF-1 y la interacción de ligando-receptor neuroactivo están involucradas en el desarrollo de la extremidad posterior del caimán chino. Entre estas, la vía de señalización HIF-1 y la interacción de ligando-receptor neuroactivo pueden estar relacionadas con la adaptación de los caimanes chinos a entornos con bajo contenido de oxígeno. Además, se seleccionaron aleatoriamente cinco DEGs para qRT-PCR para verificar los resultados del transcriptoma. Se espera que una investigación adicional sobre estos genes nos ayude a comprender mejor el proceso de desarrollo de la extremidad posterior embrionaria en el caimán chino.