La larga historia del mejoramiento de la papa incluye las numerosas introgresiones de genes de resistencia de muchas especies silvestres de América del Sur y Central, así como de especies cultivadas en el pool genético de mejoramiento. La mayoría de los genes R pertenecen a la familia NLR con repetición rica en leucina en el sitio de unión de nucleótidos. El objetivo de esta investigación se refiere a una evaluación de la expresión de genes NLR en los transcriptomas de tres cultivares de papa (Evraziya, Siverskij, Sudarynya), que combinan material genético de especies silvestres y cultivadas de papa, y cada uno lleva marcadores intragénicos de genes que confieren resistencia de amplio espectro al tizón tardío. Los transcriptomas de los cultivares fueron comparados antes y 24 horas después de la inoculación. La inducción del transcripto RB/Rpi-blb1/Rpi-sto1 después de 24 horas de la inoculación fue detectada en los cultivares resistentes Siverskij y Sudarynya pero no en el cv. Evraziya susceptible. Esto demuestra la importancia del ensayo transcriptómico para comprender los resultados de la selección asistida por marcadores y el fenotipado. Interesantemente, el ensamblaje de los transcriptomas de novo y el análisis con la herramienta NLR-parser revelaron fracciones significativas de nuevos genes NLR sin homología con el genoma de referencia de 103 (cv. Siverskij) a 160 (30514/15). La comparación de los nuevos NLRs demostró una intersección relativamente pequeña entre los genotipos que coincidieron con sus pedigríes complejos con varios eventos de hibridación interespecífica. Estos nuevos NLRs pueden facilitar el descubrimiento de nuevos genes R eficientes.